Ce fonds porte principalement sur l'activité d'historien de Marc Vuilleumier, à l'exception de la série A 'Éléments biographiques', qui concerne sa trajectoire personnelle et certaines de ses activités politiques.
La série B 'Correspondance' rend compte de ses nombreux échanges avec des collègues historien·ne·s, archivistes et bibliothécaires, parmi lesquelles plusieurs figures de l'historiographie sociale suisse et européenne (e.a. France, Italie, Allemagne, Autriche, Hongrie et Russie). Elle concerne également les mandats qui lui ont été confiés et les sociétés d'histoire auxquelles il a régulièrement apporté son soutien et ses contributions.
Suivent deux séries permettant de retracer les axes de recherche et leur évolution au fil de plus de soixante ans d'activité inlassable. On y trouve, premièrement (série C), les articles, chapitres et brochures publiées (dont plusieurs ébauches et versions successives sont parfois conservées) et, deuxièmement (série D), les projet de publication non achevés, à propos desquelles il est parfois possible retrouver des échanges avec les mandataires et les éditeurs que Marc Vuilleumier n'avaient pas rangés parmi la correspondance de la série B.
Ce corpus de travaux scientifiques est complété par la série E, qui rassemble les interventions préparées pour les colloques auxquels Marc Vuilleumier a participé (ou envoyé une contribution), ainsi qu'un dossier contenant les notes accumulées lors de colloques auxquels il a assisté sans présenter de communications. À noter que, lorsque différentes publications, interventions ou projets portent sur le même sujet, il se peut que le(s) fascicule(s) les plus anciens ne contiennent que l'élaboration finale, du fait que les notes et les autres matériaux préparatoires aient été repris et transférés dans d'autres dossiers par Marc Vuilleumier (copies de sources, notes de lecture, correspondance).
La série F concerne les autres activités d'historien de Marc Vuilleumier, que ce soit celles effectuées dans le cadre de la formation (enseignements dispensés à l'université ou dans les milieux syndicaux et politiques), la réalisation de différents mandats (notamment la mission auprès de la Ville de Genève qui débouchera sur la création des Archives de la Ville en 1986). Cette série contient également des textes rédigés pour une diffusion plus large, à savoir la presse généraliste ou politique locale.
Les 'Dossiers de recherches' contenus dans la série G contiennent des documents de travail servant aux activités de Marc Vuilleumier. Ils témoignent des méthodes de travail de l'historien : les dossiers n'ont cessé d'être alimentés au fil des années avec des notes, des références bibliographiques et des copies de sources (d'abord manuscrites, puis photocopiées ou imprimées à partir de version numérique). Il faut noter que certains dossiers sont complémentaires de ceux des série précédentes (notamment C et E), car leur contenu était utilisé à plusieurs reprises. C'est pourquoi on y trouve notamment des dossiers de travail sur certains thèmes récurrents ('Premier mai', 'Police politique', etc.), ainsi qu'un large répertoire de dossiers biographiques, qui étaient groupés en séries thématiques ('Fouriériste en Suisse', 'Proscrits de la Commune de 1871', 'Émigration italienne' etc.).
Une dernière série H 'Collections' rassemble les sources manuscrites et iconographiques collectées par Marc Vuilleumier au cours de ses recherches, notamment sur les proscrits de la Commune de Paris et sur James Guillaume, dont il préparait la biographie.